回中国把日本的在留卡丢了

应该先到公安局挂失，办理新的护照。但是你原本的护照上面有签证的信息这个很难办，总之先打电话给日本驻华大使馆，如果有复印件的话最好了，提供你的签证信息证明你的在留时间尚未到期。回来日本后申请新的外国人登陆证还有其他证件就好了。
〖需要提交的材料〗
※ 登录证明书发行申请书(申请窗口有提供)
※ 护照
※ 照片2张(4.5cm×3.5cm、6个月以内照的免冠、正面上半身的照片)，未满16岁的不要提交照片。
※ 遗失登录证的书面报告，或者公安部门出示的"遗失登记"或"失窃登记"书面报告。
注 意
如果知道登录号码，再补办的手续就比较容易。如果丢失者年龄在16岁或以上，就要在指定的时间内再到以上地点领取新证，从提出申请日起通常需要约2周时间。

你好！
不会有大的影响，因为你的全部资料在海关的电脑上可以查到，因此拒绝你入境的可能性很小。毕竟在日本海关可能同时需要出世护照和在留卡，因此提前写一个在留卡丢失的经纬书好一些。
如果你持有有效的【“再入国入国记录卡”（简称ED卡）】、【“在留卡”（或外国人登录证明书）】、【“再入国许可期限证明书”】三项中的任何一项均可再次入境日本。其中，持有背面没有加盖“视同再入国许可”印章的“再入国入国记录卡”仍被允许再次入境。对于持有以上相关证件的人员，自即日起可再次入境日本。

有护照就可以 入境的时候和入境检察官说明情况 会给你补办的