这是因为杂交水稻的基因型是杂合的，如果留种继续种下去的话，后代会出现基因分离，表现型不一致。选用两个在遗传上有一定差异，同时它们的优良性状又能互补的水稻品种，进行杂交，生产具有杂种优势的第一代杂交种，用于生产，这就是杂交水稻。杂种优势是生物界普遍现象，利用杂种优势提高农作物产量和品质是现代农业科学的主要成就之一。
一般的杂交作物大多数都不能将优良基因遗传给子代，一代以后就会退化。所以留了种子也没用。
