一般认为主要通过次氯酸HCLO来起作用。当氯或次氯酸加入到水中时会先水解，解离，主要开成HCLO,CLO-等物质，由于HCLO为分子量很小的电中性分子，比较容易渗透到带负电的细菌表面，并通过细胞壁穿透到细胞内部，通过氧化作用破坏细菌的酶系统而使细菌死亡。
