起付线俗称“门槛费”，是指新型农村合作医疗基金对参合农民进行补偿时计算补偿费的起点，在起付线以上的费用才按比例报销，在这一点以下的费用由参合农民自己支付。设定起付线主要是将资金补助的重点放在对大病患者的补助；同时，也可以排除将门诊费用当作住院费用报销的情况，因此起付线设置较门诊平均费用略高。另一方面为引导病人尽可能选择在基层医疗机构住院，不同级别医院设定不同的起付线，如将乡镇卫生院住院起付线定为150元，县级医院定为300元，县外医院定为1500元，使不同病情患者选择不同级别的医院。
封顶线是指合作医疗对参加人的最高补助额，是合作医疗保障水平的象征。由于合作医疗采取低水平的筹资方式，支付能力不大，如果不设定支付限额，少数人过高的医疗费用可能会超越合作医疗的支付能力，出现超支情况，最终拖垮整个集体的合作医疗制度。此外，少数得到的补偿过高，还会影响多数人的积极性。
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