基因序列的上游是指DNA链中能与RNA聚合本科结合的这一端，RNA转录是沿着模板链的3`-5`进行是指单链，而DNA是双链且是反向的，所以不能把单链的方向和转录的方向混到一起。启动子应该仍然是非编码区序列。
基因序列的上游指转录起始位点前一段。对于典型的基因来说，基因上游指编码链5'端位置。基因上游只是一个笼统的说法，一般包含启动子。
5‘端
