A、现代生物进化理论认为，生物进化的单位是种群，A正确；B、生物进化的方向是由自然选择决定的，B错误；C、新物种形成的标志是生殖隔离，C错误；D、生物进化的实质是种群基因频率的定向改变，D正确．故选：AD．
