从本质上看两者并无大的不同。所谓的菌液测序其实也是菌液中的质粒通过PCR扩增后达到一定的量后就可以和质粒一样用于测序仪测序了。但两者在操作上却有很多不同,毕竟不同的菌株质粒含量不一致,尤其拷贝数较低的菌液,PCR扩增的成功率不高,那测序的成功率也会降低,而且测序的在效长度也较低。所以除非质粒比较小或拷贝高,可以直接用菌液测序外,一般还是提质粒测序较为稳妥。