主要是周培公是汉人，满臣担心他步吴三桂的后尘，另外官职又太大，引起了满臣的不满。平定王辅臣陕甘叛乱，不仅解除了朝廷的重大威胁，而且剪除了吴三桂在西北的羽翼。朝廷对参战的汉将分别论功行赏，委以重任，多方鼓励和奖赏，使他们忠心耿耿为朝廷效力。康熙十五年（1676年），周培公在家守孝三年，后到山东任职，因与总兵官意见不合，难以继续共事，仅在任三年，便辞官回到荆门家乡。
周培公的文学形象主要出现在二月河的小说《康熙大帝》中。小说中的康熙帝少年时代之良师益友——虚构角色伍次友向纳兰明珠推荐其进京寻求功名。然周耿直，不屑曲于权贵而望殿试入朝参政。终因试中未避讳康熙之名“玄”字而被赶出考场，却在流落街头时得康熙偶然发现并举任，成为康熙身边最重要的谋臣，立下诸多功勋。最终康熙因满臣不满将其调往盛京，多年后因病身故。
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