我把普通发票的存根联与记帐联丢失了国税局会怎么处理呢？

各个地方的税务机关，对发票丢失的处罚程序不太一样，先到所管辖税务机关进行沟通，去税务机关的要求进行处理。
相关依据
根据《中华人民共和国发票管理办法（实施细则）》第四十一条，使用发票的单位和个人应当妥善保管发票、不得丢失。
依据：《发票管理办法实施细则》第三十一条规定：“使用发票的单位和个人应当妥善保管发票。发生发票丢失情形时，应当于发现丢失当日书面报告税务机关，并登报声明作废。”《国家税务总局关于被盗、丢失增值税专用发票有关问题的公告》(国家税务总局公告2016年第50号)规定：“为方便纳税人，税务总局决定取消纳税人的增值税专用发票发生被盗、丢失时必须统一在《中国税务报》上刊登“遗失声明”的规定。”
二、发票丢失会被处罚吗？
可以处罚。根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十五条第九项规定，违反本办法的规定，有下列情形之一的，由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；有违法所得的予以没收：（九）未按照规定存放和保管发票的，《中华人民共和国发票管理办法》第三十六条规定：“跨规定的使用区域携带、邮寄、运输空白发票，以及携带、邮寄或者运输空白发票出入境的，由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；情节严重的，处1万元以上3万元以下的罚款；有违法所得的予以没收。
丢失发票或者擅自损毁发票的，依照前款规定处罚。”因此发票丢失由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；情节严重的，处1万元以上3万元以下的罚款。具体处罚金额还需结合本省的《税务行政处罚裁量基准》作出。