南京市第二医院的特色科室

有国家临床重点专科1个，省市重点学科、专科10个，国家中医药管理局重点研究室1个。其中感染病科为国家临床重点专科、传染病学为江苏省医学重点学科，传染内科为江苏省重点专科，中西医结合科为江苏省综合（专科）医院示范中医科建设单位，肝内科、肝病检测实验中心、妇产科、外科、感染病科、中西医结合科为南京市重点专科，中心实验室为南京市医学重点实验室建设单位。2013年6月新医技病房楼落成并投入使用，江苏省卫生厅与市卫生局批准同意，南京市第二医院与江苏省人民医院开展全面业务技术合作，南京市第二医院加入江苏省人民医院集团，江苏省人民医院在二院建立院区（即：江苏省人民医院南京二院院区），共计10个病区，450张病床，以加强综合学科建设，提高传染病危重病人的综合救治能力。
医院设有42个临床医技科室，包括普内科、肝病内科、消化科、感染病科、中西医结合科、肿瘤内科、老年病科、普外科、肝胆外科、胃肠外科、甲乳外科、泌尿外科、肿瘤外科、骨科、心血管内科、整形烧伤科、妇科、产科、妇瘤科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、重症医学科、人工肝治疗中心、血液透析及肾内科、血液内科、皮肤性病科、体检中心、放射科、超声诊断科、介入放射科、放疗科、检验科、药学部、临床科研中心等临床医技科室。门诊设有相应的专科及专家特色门诊。医院拥有核磁共振（MRI）、64排、16排螺旋CT、直线加速器、1000MA大型DSA、血液透析机、人工肝支持系统、数字胃肠X光机、C臂X光机等先进仪器设备，为医院的医疗及科研工作的开展提供了保证，使医院各种检查及检测项目准确性和精确率都处于全省领先水平。