为便于观察描述孢子和花粉，须对其定向。孢粉在四分体时，朝里的一面（即四个子细胞相互接触的一面）叫近极面（proximal face），朝外的一面叫远极面（distal face）：近极面的中心（也即四分体的中心）叫近极（proximal pole），远极面的中心叫远极（distal pole），通过孢粉粒中心与两极垂直的平面叫赤道面（equatorial face）。除极少数花粉不对称外，大多数都是辐射对称或左右对称。孢子和花粉形态各异，极面观时可见圆形及三、四、五、六角形，或钝三、四、五、六角形，二、四裂片形。赤道面观时可见圆形、扁圆形、豆形、椭圆形、宽椭圆形、窄椭圆形。
孢粉壁在显微镜下可见有明显的分层，从内向外分为内壁、外壁和周壁。经过酸碱处理后常保存为孢粉外壁。孢粉外壁上常有各种纹饰，是分类、鉴定的重要特征，常见类型有光滑的、颗粒状的、具疣的、具刺的、具条纹的、网状的、棒状的及脑纹状的等，这些纹饰在光学显微镜下，只能在升降镜筒时通过图像变化来观察，或用扫描电子显微镜来研究。
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