因为单位要负担一次性就业补助金和一次性医疗补助金，而且额度比较高。
有的用人单位不同意员工的工伤认定的原因：
参加社会保险的职工发生工伤事故，如果职工在发生事故后不辞职，那么大多数的赔偿都由劳动局出，比如一次性伤残补助金，医药费等。
但是如果职工辞职，则单位还要负担一次性就业补助金和一次性医疗补助金，这才是赔偿的主要方面，而且额度比较高。所以一般单位在员工不想继续干的时候，不同意工伤认定。
一、用人单位不为员工做工伤认定：
用人单位未按规定提出认定申请的，工伤职工或者其直系亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区行政部门提出申请。职工或者其直系亲属认为是工伤，用人单位不认为是工伤的，由用人单位承担举证责任。
二、工伤医疗待遇主要包括以下内容：
1、治疗工伤所需挂号费、医疗费、药费、住院费等费用符合诊疗项目目录、工伤保险药品目录、工伤保险住院服务标准的，从工伤保险基金支付。
2、职工住院治疗工伤的，由所在单位按照本单位因公出差伙食补助标准的70%发给住院伙食补助费;
3、经医疗机构出具证明，报经办机构同意，工伤职工到统筹地区以外就医的，所需交通、食宿费用由所在单位按照本单位职工因公出差标准报销;
4、工伤职工到签订服务协议的医疗机构进行康复性治疗所发生的符合条件的康复费用;
5、工伤职工在停工留薪期满后仍需治疗的，继续享受工伤医疗待遇。
工伤
工伤，又称为产业伤害、职业伤害、工业伤害、工作伤害，是指劳动者在从事职业活动或者与职业活动有关的活动时所遭受的不良因素的伤害和职业病伤害。
对于你提出的“为什么单位不愿意申请工伤”问题，用人单位申请工伤的，可是要成本的，所以说有的用人单位并不愿意给员工申请工伤，所以员工自己就要最大的保护自己的合法权益，自己去申请工伤认定。
单位为什么不愿报工伤？ - 西瓜视频.mp4
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