A、诱变育种的原理是基因突变，可以产生新的基因，从而产生新的性状，A正确；
B、单倍体育种和多倍体育种的原理都是染色体变异，染色体变异与基因突变最大的区别就是染色体变异可在光学显微镜下观察到，而基因突变看不到，B正确；
C、杂交育种和基因工程育种的原理都是基因重组，两者都可以产生新的基因型，杂交育种是原有性状的重新组合，没有产生新性状，C错误；
D、生物变异包括可遗传变异和不可遗传变异，可遗传变异又可以分为基因突变、基因重组和染色体变异，D正确．
故选：C．
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