根据施肥的时机不同，底肥和追肥使用量为每亩5公斤公斤，可以和其他肥料混合后使用；
对于果树之类的农产品，每颗幼苗使用量为200克左右，成年后的果树可以放射状沟施，每颗0.5-1公斤即可。
除此之外，微生物菌肥还可以用作蘸苗灌根、拌苗床土、盆栽以及冲施等，各种施肥方法都有所不同，用量也要把握好，否则就事倍功半了。
生物菌肥
生物菌肥是近几年出现的一种新型的生物“肥料”，虽然叫作菌肥，但是其本质不是肥，只是通过一些工厂的手段培养的一些在土壤中有利于土壤和作物的有益菌类。
使用方法：
1、 用得早，用得足，次数多。微生物菌剂到根际需要与其它的微生物竞争营养和位置等，因此，要做到先声夺人，才能取得更好的效果。 建议从底肥(生长早期）就开始施用，不要随意减量，并在一个生长季至少施用2-3次。
2、 采用正确的施用方式：可采用拌种、浸种、蘸根、灌根、穴施、沟施、喷施、滴灌、撒施等方式。浸拌种、蘸根等方式早期效果突出，要达到更好的效果，还需要结合土施的方式，尤其结合灌根、穴施、滴灌等方式效果更好。
2）喷施和滴灌对微生物菌剂的要求较高，大多数微生物菌剂由于载体和生产工艺的限制，是不能溶解的。
1） 撒施在表面后，一定要覆土，促进微生物在土壤中的定殖，避免紫外线的伤害。
注意事项：
1、氮、磷、钾总含量超过8%时与菌剂混合施肥，会一直菌的活性。
2、不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫化肥（如：硫酸钾等）以及草木灰混合使用。
3、建议采用沟施、窝施的方式，一定要将菌肥盖在土壤里，避免阳光直射，紫外线会杀死细菌；此外，不建议冲施微生物菌肥，因为加速吸收后菌群会被冲散，影响施用后的效果。
4、气温过高、过低、干旱条件下的农作物田块不建议使用微生物菌肥。
菌肥分类
1、有固氮作用的菌肥：包括根瘤菌、固氮菌、固氮蓝藻等；
2、分解土壤有机物的菌肥：包括有机磷细菌和复合细菌等；
3、分解土壤中难溶性矿物的菌肥：包括硅酸盐细菌、无机磷细菌等；
4、促进作物对土壤养分利用的菌肥：包括菌根菌等；
5、抗病及刺激作物生长的菌肥：包括抗生菌、增产菌等。
菌肥优势
三种以上多种复合菌相互促进、相互补充，抗土传病害效果远远大于单一菌种。有益菌群相互协同，共同作用，能使作物达到高产丰产的效果。
1、提高作物产量
2、改善作物品质
3、增强作物抗逆性
4、提高化肥利用率
5、改善土壤环境
