甲方的手续太多了，不知道你们现在到哪个程度了，已经完成了手续，还有哪些手续没完成。再说了你也没讲清楚是哪类工厂的二期工程，不同类型的工厂报批的手续也不一样。下面就只能简单的按基本建设工程的情况列一些基本的手续。
1、项目的立项手续。不同规模的项目报不同级别的行政主管部门审批。一般是发改委或发改局。
2、土地使用证报批手续。主管单位：国土局
3、用地规划许可手续。主管单位：规划局、国土局
4、环境影响评估：环保局
5、消防安全。公安局
6、施工许可证：各种手续都齐全了以后报建委（或相应的行政主管部门）批。
以上那些只是最基本的几个手续，还有根据不同性质的工程，牵涉不同的部门，也要进行相应的报批手续。
7、如果牵涉到地下文物，还需进行文物调查，报文物管理单位批。
8、牵涉到行洪排涝要水利部门批。
具体情况具体对待，反正只有拿到施工许可证了以后，才可以进行施工。
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