通过智行候补购票，但12306APP显示候补票时间只有一个车次，可能是以下情况引起的：
1. 票源紧张：如果所需车次或座位类型只有一列车次有票，那么就会出现这种情况。票源紧张的情况下，候补购票可能无法选择多个车次或多种座位类型。
2. 技术问题：也有可能是12306APP在处理候补订单时出现了技术问题。有时候，系统会出现一些延迟或异常，导致用户在APP上只能看到一个车次。
3. 特殊需求：如果用户有特殊需求，比如只能乘坐某个时间段的车次或者必须坐某个座位类型，那么也会导致候补订单中只有一个车次。
建议联系智行客服或者12306客服，了解具体情况。如果是技术问题，可以让他们帮忙查看并解决。如果是票源紧张或者特殊需求，他们也可以提供更多的信息或者建议。
已经在智行火车票上付完钱预约抢票，又在12306上候补购票，没什么影响，假如都是同一天的车次，哪个先抢到，另外一个就买不了
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