法源寺（宣武区，是中国佛学院的所在地）
广济寺（西城区，中国佛教协会）广化寺（东城区，北京佛协）通教寺比丘尼寺院（东城）天宁寺（西城区）
海淀区： 西山灵光寺佛牙舍利塔，凤凰岭龙泉寺。
门头沟：潭柘寺，戒台寺。
以上都是汉传佛教的寺院，在北京非常有名气，历史悠久。
藏传佛教寺院：雍和宫（格鲁派寺院，东城区）
黄寺（中国藏语系佛学院，不对外开放）
旅游景点寺院：西山香山植物园卧佛寺
香山碧云寺。
这两个寺院是没有僧人的。
我知道的也是去过的昌平寺院，是在十三陵镇仙人洞村，村中的仙人洞即现在寺院所在地，是名胜古迹昌平燕平八景之一，洞内钟乳石是北方地区唯一形成的。寺院有上千年的历史，后来被破坏过，遗留下来古迹。唐代有鉴真大师在此修行过，清代有吏部尚书题词，近代有时任北京市委书记彭真同志考察过。现在也有清平的僧人在此修行，这里有瑞师父，发心纯正，道心纯净，实修苦修带众教化一流。每月农历初一和十五都有法会举行。
具体地址：到昌平妇幼保健院坐公交昌55路即可到仙人洞村。
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