1 环境效益、经济效益、社会效益相统一原则：生态示范区建设应与农村脱贫致富、地区经济发展结合起来，与当地的社会发展、城乡建设结合起来。
2 因地制宜的原则：生态示范区建设应从当地的实际情况出发，以当地的生态环境和自然资源条件、社会经济和科技文化发展水平为基础，科学合理地组织建设。
3 资源永续利用原则：提倡资源的合理开发利用，积极开展资源的综合利用和循环利用，能源的高效利用，实现废物的最小化；可更新资源和开发利用与保护增殖相并重，实现自然资源的开发利用与生态环境的保护和改善相协调。
4 政府宏观指导与社会共同参与相结合原则：生态示范区建设作为一项政府行为，强调政府对生态示范区建设的宏观管理和扶持作用。同时，应充分调动社会力量共同参与。
5 国家倡导、地方为主的原则：充分发挥地方政府的作用，遵循地方自主建设、自愿参与的原则。
6 统一规划、突出重点、分步实施原则：生态示范区建设规划应当是生态环境建设与社会经济发展相结合的统一规划，应体现出生态系统与社会经济系统的有机联系。同时，规划应明确近、中、远期目标，并将建设任务加以分解落实，分阶段、分部门组织实施，突出阶段、部门的建设重点，组成重点建设项目。 为使生态示范区建设规划与我国国民经济和社会发展规划、全国生态环境建设规格纲要相协调，生态示范区建设分为三个阶段进行。
第一阶段：近期1996年～2000年，试点建设阶段，在全国建立生态示范区50个；
第二阶段：中期2001年～2010年，重点推广阶段，在全国选取300个区域进行重点推广，建成各种类型，各具特色的生态示范区350个；
第三阶段：远期2011年～2050年，普遍推广阶段，在全国广大地区推广生态示范区建设，使示范区的总面积达到国土面积的50%左右。
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