我也有遇到这样的情况，我自己备份出来的SQL文件，有的可以执行没错误，有的总是出错。可能是中文字符的关系，也可能是建表顺序的关系。
楼主可以尝试再次点击“开始”。如果是备份出来的SQL语句，上面的只有create语句和insert语句，所有语句都是唯一且不会执行第二次。
楼主在发生错误后，不要点关闭，再点一次“开始”，让它执行两次，之后就不出错了。
我是这样试成功的。
如果sql文件不大的话，有个简单的方法，用文本编辑器打开文件，把里面的内容复制出来执行，就ok了
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