医疗机构原则上是不能开在小区的
医疗机构开在小区的法律依据有两层。
一层是民事法律关系，在此涉及开发商、小区业主、医疗机构三方。从民事法律关系中，开发商把房子卖给业主，如果当时在商品房买卖合同中有约定不能在小区开医疗机构，那么遵从于约定；
如果没有此约定，其出售均是其合法权益。业主向开发商主张合同权利还应以合同的明确约定为依据。
另一层法律关系是该医疗机构存在相邻关系的不动产所有人或使用人，与该医疗机构存在的相邻权关系。基于《物权法》相邻不动产的所有人或使用人在行使自己的所有权或使用权时，应当以不损害其他相邻人的合法权益为原则。
扩展资料：
法律依据
根据《中华人民共和国物权法》
第九十条 不动产权利人不得违反国家规定弃置固体废物，排放大气污染物、水污染物、噪声、光、电磁波辐射等有害物质。
第九十一条 不动产权利人挖掘土地、建造建筑物、铺设管线以及安装设备等，不得危及相邻不动产的安全。
第九十二条 不动产权利人因用水、排水、通行、铺设管线等利用相邻不动产的，应当尽量避免对相邻的不动产权利人造成损害；造成损害的，应当给予赔偿。
参考资料来源：中国法制信息网-中华人民共和国物权法
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