把红蓝宝石的故事作为基本，新增了插曲与新玩法。同前作一样，可以选择男女两个主角，但主角有了新的衣服。在绿宝石里，还会新增一个设施——对战边境。在对战边境里，会测试你的各种战斗能力。在那里，只有被承认了能力的训练师才能步入，可以说是PM对战的最前线。在被水、绿色和花朵包围的基地中，还有7种特别的设施。每个设施，都有不同的对战方式与战术。对战边境内的其中一个设施是对战园顶屋。在这个像蛋一样的大建筑中，会激烈的淘汰赛。在16名训练员的比赛中，如果战败，就会被淘汰出局。能够使用的精灵数量是3只。与训练员对战时，有时会变成2人对战。在红蓝宝石和火红叶绿里，双人对战的训练员都是并排在前方等着主角，绿宝石则是两人突然跑来与主角对战。PM从精灵球跳出的那一瞬间，精灵会做出各种丰富的动作。
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