毕业生可以不签订三方协议，而是签订劳动合同吗

可以的，凭劳动合同转移档案等手续也是可以的，学校也可以据此出具报到证。如果你的就业单位是国有企业，你的档案、党团关系和三方协议都开到这个单位就可以，报到证也开到这个单位；如果是民营企业和外资企业，就到这个企业注册地人才市场办理，前提是这个企业要办理人事委托手续。报到证千万不要丢失，报到证的全称是"全国普通高等学校本专科毕业生就业报到证"（也简称“派遣证”），是列入国家计划内招生的大中专毕业生一种重要标志，由教育部直接印刷，省级高校毕业生就业管理部门单独签发，列入国家就业计划的毕业生才能持有有效报到证件。用人单位以报到证为依据，接转毕业生的人事档案、接收安排毕业生工作。
报到证是一个从学生身份转变为工作者身份的标志性材料，是人事关系正式从学校转移到就业单位的证明。
报到证的作用：
1、到单位报到，并开始计算工龄；
2、落户口的时候需要；
3、转正和干部身份的证明；
4、变更单位时可能需要。
派遣证对于毕业生今后进入国家机关和事业单位工作、参加国家重点工程项目的工作、申请出国留学等方面具有非常重要的作用。派遣证只能在全日制本专科毕业生毕业时规定的时限内获得，一旦错过不能补办。获得派遣证后，毕业生可以进入国家人事干部管理系列，否则只能进入劳动力市场。
在报到证仍在中国人事管理体制中扮演重要角色的情况下，请同学们注意保管好自己的报到证，不要丢失，避免在今后的工作和生活过程中遇到不必要的麻烦。