大部分神经内分泌肿瘤为散发，其确切病因目前尚不清楚。但有一小部分神经内分泌肿瘤的发生与遗传因素有关，涉及一些基因的缺失与突变，例如多发性内分泌腺瘤（mutipleendocrineneoplasia，MEN）、林道综合征（vonHippel-lindausyndrome，VHLsyndrome）。
