内部控制存在的缺陷包括设计缺陷和运行缺陷。
设计缺陷是指缺少为实现控制目标所必需的控制，或现有控制设计不适当、即使正常运行也难以实现预期的控制目标。
运行缺陷是指现存设计适当的控制没有按设计意图运行，或执行人员没有获得必要授权或缺乏胜任能力，无法有效地实施内部控制。
内部控制存在的缺陷，按其严重程度分为重大缺陷、重要缺陷和一般缺陷。
重大缺陷是内部控制中存在的、可能导致不能及时防止或发现并纠正财务报表出现重大错报的一项控制缺陷或多项控制缺陷的组合。
重要缺陷是内部控制中存在的、其严重程度不如重大缺陷但足以引起负责监督被审计单位财务报告的人员（如审计委员会或类似机构）关注的一项控制缺陷或多项控制缺陷的组合。
一般缺陷是内部控制中存在的、除重大缺陷和重要缺陷之外的控制缺陷。 注册会计师应当评价其识别的各项控制缺陷的严重程度，以确定这些缺陷单独或组合起来，是否构成内部控制的重大缺陷。但是，在计划和实施审计工作时，不要求注册会计师寻找单独或组合起来不构成重大缺陷的控制缺陷。
控制缺陷的严重程度取决于：
（1）控制不能防止或发现并纠正账户或列报发生错报的可能性的大小；
（2）因一项或多项控制缺陷导致的潜在错报的金额大小。
控制缺陷的严重程度与错报是否发生无关，而取决于控制不能防止或发现并纠正错报的可能性的大小。
在评价一项控制缺陷或多项控制缺陷的组合是否可能导致账户或列报发生错报时，注册会计师应当考虑的风险因素包括：
（1）所涉及的账户、列报及其相关认定的性质；
（2）相关资产或负债易于发生损失或舞弊的可能性；
（3）确定相关金额时所需判断的主观程度、复杂程度和范围；
（4）该项控制与其他控制的相互作用或关系；
（5）控制缺陷之间的相互作用；
（6）控制缺陷在未来可能产生的影响。
评价控制缺陷是否可能导致错报时，注册会计师无需将错报发生的概率量化为某特定的百分比或区间。
如果多项控制缺陷影响财务报表的同一账户或列报，错报发生的概率会增加。在存在多项控制缺陷时，即使这些缺陷从单项看不重要，但组合起来也可能构成重大缺陷。因此，注册会计师应当确定，对同一重要账户、列报及其相关认定或内部控制要素产生影响的各项控制缺陷，组合起来是否构成重大缺陷。
在评价因一项或多项控制缺陷导致的潜在错报的金额大小时，注册会计师应当考虑的因素包括：
（1）受控制缺陷影响的财务报表金额或交易总额；
（2）在本期或预计的未来期间受控制缺陷影响的账户余额或各类交易涉及的交易量。
在评价潜在错报的金额大小时，账户余额或交易总额的最大多报金额通常是已记录的金额，但其最大少报金额可能超过已记录的金额。通常，小金额错报比大金额错报发生的概率更高。
在确定一项控制缺陷或多项控制缺陷的组合是否构成重大缺陷时，注册会计师应当评价补偿性控制的影响。在评价补偿性控制是否能够弥补控制缺陷时，注册会计师应当考虑补偿性控制是否有足够的
精确度以防止或发现并纠正可能发生的重大错报。 如果注册会计师确定发现的一项控制缺陷或多项控制缺陷的组合将导致审慎的管理人员在执行工作时，认为自身无法合理保证按照适用的财务报告编制基础记录交易，应当将这一项控制缺陷或多项控制缺陷的组合视为存在重大缺陷的迹象。下列迹象可能表明内部控制存在重大缺陷：
（1）注册会计师发现董事、监事和高级管理人员的任何舞弊；
（2）被审计单位重述以前公布的财务报表，以更正由于舞弊或错误导致的重大错报；
（3）注册会计师发现当期财务报表存在重大错报，而被审计单位内部控制在运行过程中未能发现该错报；
（4）审计委员会和内部审计机构对内部控制的监督无效。 如果被审计单位在基准日前对存在缺陷的控制进行了整改，整改后的控制需要运行足够长的时间，才能使注册会计师得出其是否有效的审计结论。注册会计师应当根据控制的性质和与控制相关的风险，合理运用职业判断，确定整改后控制运行的最短期间（或整改后控制的最少运行次数）以及最少测试数量。整改后控制运行的最短期间（或最少运行次数）和最少测试数量参见表2。
表2：整改后控制运行的最短期间（或最少运行次数）和最少测试数量 控制运行频率 整改后控制运行的最短期间或最少运行次数 最少测试数量 每季1次 2个季度 2 每月1次 2个月 2 每周1次 5周 5 每天1次 20天 20 每天多次 25次（分布于涵盖多天的期间，通常不少于15天） 25 如果被审计单位在基准日前对存在重大缺陷的内部控制进行了整改，但新控制尚没有运行足够长的时间，注册会计师应当将其视为内部控制在基准日存在重大缺陷。
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