由题意可知，等量的A、B、C三种氨基酸，它们能形成的三肽种类由氨基酸的种类、排列顺序决定，即为33=27种；由A、B、C三种氨基酸形成的含有三种氨基酸的三肽的种类只由氨基酸的排列顺序决定，3×2×1=6种．故选：B．
