曲阜师范大学目前拥有一级学科硕士学位授权点22个，二级学科硕士学位授权点133个。
曲阜师范大学拥有的硕士学位一级学科授权点有教育学、中国语言文学、马克思主义理论、中国史、外国语言文学、心理学、美术学、音乐与舞蹈学、体育学、统计学、地理学、数学、物理学、电子科学与技术、化学、戏剧与影视学、计算机科学与技术、软件工程、生物学、生态学、系统科学、控制科学与工程。
二级学科硕士学位授权点则有中国语言文学、教育学、教育史、成人教育、马克思主义哲学、中国哲学、伦理学、政治学理论、中共党史、马克思主义理论、中国史、世界史、外国语言文学、语言学、俄语语言文学、英美文学、翻译理论与实践、二语习得与外语教学、语言学与翻译、文学与翻译、日语语言文学、亚非语言文学、基础心理学、发展与教育心理学、应用心理学、教育经济与管理、艺术学、美术、音乐、音乐与舞蹈学、体育学、统计学、马克思主义经济理论、地理学、法学、书法、数学、计算机控制、物理学、电子科学与技术、化学、教育技术学、图书馆学、戏剧与影视学 、计算机科学与技术 、信息安全、通信与信息系统 、生物学、生态学、教育经济与管理、系统科学、控制科学与工程、软件工程、智能检测与控制仪表等。