法律时效的问题？

2008年9月经法院调解时应当对07年的纠纷有一个解决的办法吧，同时也可以视为对你07年犯错误的一个处理，按照一事不再罚的原则，2008年你重新上班以后单位就不应当再以以前已经解决过的纠纷为理由辞退你了，《企业职工奖惩条例》中说的是办理处分的时间，而不是时效（一件事情过多长时间就不再追究）。
2008年1月1日，劳动合同法就开始实施，事业单位也适用，你可以申请劳动仲裁。

事业单位奖惩办法

第三章 行政处分

第十七条 事业单位工作人员行政处分的种类为：警告、记过、记大过、降职、撤职、开除留用察看、开除7种。
专业技术人员不适合受降职处分。
事业单位工人不适合给予降职、撤职处分。
第十八条 对于违反法纪的事业单位工作人员，应当根据其错误性质，情节轻重，危害大小，区别情况作出处理：
一 违纪情节轻微且未造成不良后果的，给予批评教育，免予行政处分；
二 违纪情节较重，给国家、集体和群众利益造成一定损失或不良后果的，给予记大过以下处分；
三 违纪情节严重，给国家、集体和群众利益造成重大损失或严重后果的，给予降职以上处分；
四 对触犯刑律，被依法免予刑事处罚的，给予撤职或开除处分；受劳动教养或刑事处罚的，给予开除处分。
第十九条 给予事业单位工作人员行政处分，由所在单位或承办机关以文件形式（附《事业单位工作人员行政处分审批表》，样表见附件1）向主管机关报批。经批准后，按照管理权限由行政任免机关作出处分决定。处分决定和《事业单位工作人员行政处分审批表》存入本人档案。

你这不适用《企业职工奖惩条例》，并且《企业职工奖惩条例》在《劳动合同法》很多内容已经失效。
不知道你的事业单位是不是全额事业单位，是不是参照《公务员法》管理，如果参照《公务员法》你需要原机关申请复核，对复核不满意向上级主管部门申诉。或者不经复核直接向上级主管部门申诉。

2008年9月，既然你已经回到单位上班，那么之后与单位形成的就是合法的劳动关系，这种劳动关系是受法律保护的。2008年9月之后，单位如果要 辞退你，必须依据《劳动合同法》的相关规定来处理。不然你可以申请劳动仲裁。

法院无法直接受理类似案件，你因为是事业单位职工，先要通过人事仲裁程序。