A、一般细胞都有且只有一个细胞核（如细菌，哺乳动物红细胞等例外），所以细胞核数量不能作为判据，很多同种细胞也存在细胞核大小差异，大小显然不能作为判据，A错误；
B、细胞中绝大多数生命活动都是在细胞器中完成，如蛋白质合成，ATP合成等，因此，最能体现细胞间功能差异，B正确；
C、细胞膜中载体数量及种类只能反应细胞对某些离子的需求量，C错误；
D、很多同种细胞形状大小都很相似，很多不同种细胞也可能大小形状相似，不能作为功能差别判据，D错误．
故选：B．
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