一个是解剖的部位不，鼻窦炎是在鼻窦内,鼻咽癌是在鼻咽部.
一个是临床表现也不一样.
慢性鼻窦炎出现头痛者占53%，其中上颌窦炎头痛特点为持续性钝痛，位于颞侧，上下轻下午重，睡觉时由于体位自然引流，头痛可减轻;额窦炎头痛位于患者上眼眶及额部，以中午头痛较重，下午3～4时减轻，夜间可自然消失;前组筛窦炎时，头痛在额部、眉间或眼眶内侧与鼻根之间;后组筛窦炎时，头痛位于头顶及眼球后部为主。患鼻窦炎时，鼻窦区有压痛和叩击痛，并有头痛、鼻塞、嗅觉减退。
而鼻咽癌，头痛有时为病人的主要痛苦，有1/5的病人早期即可出现，若病人年龄较大，伴有鼻塞、鼻衄、听力减退、耳鸣、颈部淋巴结肿大等症状，应警惕鼻咽癌的可能。其头痛特点为：位于一侧额、颞、面、枕部，初期尚有间歇，逐渐加重，以后变为持续性，性质多种多样，有时甚剧，夜间更加显着，服止痛药常无效。部分病例以三叉神经痛的症状出现。如果癌肿向颅底转移，可出现颅神经麻痹。
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