由于停薪留职已被国家明令禁止并要求清理,因此用人单位应当对已办理的停薪留职进行清理。属于职工本人要求办理的,应解除协议,同时依法解除劳动关系;属于企业要求职工办理的,应解除协议,企业有岗位的应安排其上岗,无岗位的应依法解除劳动关系。
停薪留职期间不可以转档案到其他单位,因为员工没有和原来的公司解除劳动合同,双方还存在劳务关系,是不可以随便把档案进行转移,必须跟原公司解除劳动关系以后才可以提出转移档案。