1214年（贞祐二年），成吉思汗将今齐齐哈尔所辖地区大部分属于成吉思汗的幼弟铁木哥-斡赤斤的封地。元代属辽阳行中书省所辖的开元路和水达达路，并设蒲裕路屯田万户府
明朝先归属大宁都指挥使司，后属奴儿干都司。
1387年（洪武二十年）明朝设大宁都司，下设泰宁、朵颜、福余等二十余卫，前三卫又称兀良哈三卫，后改由奴儿干都指挥使司管辖。三卫中以朵颜卫最强，早期辖区包括今齐齐哈尔地区。
折叠清代时期
齐齐哈尔市清初，齐齐哈尔地区属盛京内务府管辖，不久归属宁古塔将军。
1683年（康熙二十二年）起，改属黑龙江将军管辖。1685年（康熙二十四年），设卜奎驿站，逐步成为黑龙江西部地区诸驿站的中心，并发展为村落。
1691年（康熙三十年），清廷准奏在卜奎站建齐齐哈尔城，并授索伦总管玛布岱副都统衔，掌管建城事宜。
1699年（康熙三十八年），黑龙江将军衙门移驻齐齐哈尔城。直至1905年，黑龙江将军衙门与齐齐哈尔副都统衙门合署管辖齐齐哈尔，齐齐哈尔始成为成为黑龙江地区的政治、经济、文化中心。
1782年（乾隆四十七年），在齐齐哈尔成立“管理商民处”。
嘉庆年间，设“民官”番子章京。
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