香港，澳门虽然已经回归，是中国的领土，但是当初英，葡两个和中央政府有协议：这两地由中国收回主权后有相当大的自主权，可以自行制定法律和发行货币。他们是特别行政区，和大陆是有边境的。说得通俗点，就是一个主权属于中国但自己自行管理的独立王国。大陆人过去当然要执行他们的入境条例。
还有一个原因：因为大陆地区经济发展非常不平衡，港澳经济相对发达，劳动力收入高，如果对入境人口不加控制，不知道有多少内地的乡亲们想去那。香港才几百平方公里，澳门更小，几十平方公里，大家一起去，这人一涌，非把那给挤爆不可。本来这两个地方就是地少人多，没个通行证控制会更加混乱。
说到底还是大陆贫富差距太大，要都有钱了，这个通行证制度就自然会消亡。你不见20年前去个深圳还要办边防证呢，现在基本上无所谓了。
因为行使一国两制，港澳就成为特别行政区
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