目前，所有的销项发票数据，和进项认证数据都进入税务局电脑系统。
理论上，税务局都要求开出增值税专用发票的一般纳税人确认对方也是一般纳税人后，才能开出增值税专用发票。
而对方拿到增值税专用发票后，即使不能作为进项抵扣，也要进行认证（数据进税务局系统），然后再从进项税额中转出。
这样的话，在销项发票开出180后，肯定能对比得到进项认证的数据。
但是实际情况中，很多一般纳税人（购货方）拿到税务上规定不能抵扣的发票，不进行认证，而直接把价税合计全部做入成本费用。
因此，目前为止，税务局基本从进项的数据查找有没有相同的销项数据。
而反过来，不大会因为一个公司只有一两张发票对不上进项数据（对方没有认证）而进行特意的调查。
当然，对于一个公司有很多销项发票都在180后在他们系统内对应不到进项数据，税务局会怀疑该公司是否在税务上是否有异常 。
专用发票认证时间延期：《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函〔2009〕617号）规定：增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
上述通知自2010年1月1日起执行。
纳税人取得2009年12月31日以前开具的增值税扣税凭证，仍按原规定执行。
因此，纳税人取得2009年12月31日以前开具的增值税专用发票，应在开具之日起90日内到税务机关办理认证；纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证。
认证记帐：必须是当月认证，当月入帐！如果不在当月入账，次月中上月已认证的进项税不容许抵扣！另外，如果发票的确错过认证期，还是可以入帐的，方法是以价款+进项税=票面金额（包含税款）的数额记帐，记入材料或制造费用（成本或费用什么的），也就是说，票中的进项税不能再认证抵扣，只能以成本形式入帐！
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