佛教的因果报应理论是不是有缺陷？

阿弥陀佛。
在人世间的这个范畴里，的确是有缺陷的，比如你举例的司法系统。可是这个世界是由三界六道构成的，你只看人世间这一面是完全不够的，只是冰山一角罢了。
一个人被另一个人杀死是有深层次原因的，其中一种便是对方讨报，在漫长的轮回里，人的前世何止百千，你杀他，他杀你再简单不过的事情，因果不虚，只看机缘，若是遇着了，那这个因果报应便激活了。还有一种是本来两人有些恶因缘，但不至死，其中一方恶缘增上来杀掉对方。总之，无缘不相聚。
再说说你的疑问，维系这个世界的运转必须要有执法机构，如果这个机构不成立，那么饿鬼、地狱两道的众生便无法制约，那这个世界就完蛋了。执行死刑的人只是针对法律这一层面来执行死刑，人间的事了了，杀人犯死后还有地狱报应，经过很多年才能转生到饿鬼，再过很多年转生人道，天生愚痴，六根不全，多做恶缘来结其心，复堕地狱。如此往反不知几遍，才能清净业障。这个才是因果报应的全部。

因果报应论本身就是不正确的，佛教主要推崇因果报应论，是一种主观唯心主义思想，学过马克思主义的可以轻松反驳它，马克思主义哲学里的原因和结果的关系就是讲这个的。

你吃那么多肉，被杀也是活该，杀人犯干啥不去杀和尚？因为和尚不吃肉。

业可以转，广行善事，业力会推迟。忏悔回向，业力可以消解。不再早新泱。

因果报应理论特别特别的深奥复杂，并不是凡夫俗子所理解的这样。因为在佛经中讲真正的业果之理，只有佛的瑜伽现量可见凡。
夫只能依靠的是信解比量，所以市面上很多轻言因果报应的理论都是个人主观一种情感上的。带有很大混乱性质的推测而已，不能算是可信赖的东西。