只要你的序列有特异性（即该序列确切仅对应基因组的某一处），那么该处是长臂还是短臂自然是没有任何争议的了。如果你有位置的信息，位置就应该包含有在几号染色体，在长臂还是短臂的信息。p代表短臂，q代表长臂。
如果你的位置还不确切，那么你可以用序列到任何基因数据库搜索，比如用pubmed的BLAST功能。
哈哈，其实楼上说的“除非已经完全清楚了一个染色体上的序列”没错没错，前提当然是基因组已被破解，比如人类基因组就是全部序列已知的。如果你的标记对应的是某未知基因组，那么你应该用染色体荧光原位杂交的办法来看长短臂位置，楼上的应该就是这个意思。
荧光原位杂交的详情摆渡百科就有
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