我在国内可以考上南京大学一类的学校，去日本考上东京大学的几率有多大？

基本上是0%
在国内上过高中比较优秀的一般考试问题不大（所有课程全部至少优秀以上），你的英语水平也算是过关，日语水平嘛至少1级。
上述条件达到的话就算初步具有靠东大的条件了，至于奥赛什么的就别管了没用处，何况不过是生物国三，这个在国内都没啥用处（我当年是这样，不知道现在国三有用处没，奥赛也就数学、物理有点用）。
然后呢还有一个问题就是你没在日本待一定时间，这样直接考的话基本上连考试资格都没有。

比较可行的方法以我所知有两条：
一是先考上北大清华（南大的话比较勉强，因为国内的大学在国际上根本排不上号）然后再申请考东大；
二是去日本待段时间，在日本考

总体来说上述两条都不容易，因为东大招生极少，每年也就是3500名左右，就算日本学生想进东大也得前4000才行，大概最多500人是世界招生，中国名额不多，日本的大学一般不太进行国际招生的，他们比较倾向于接受本国的一流学生。就算清华北大每年能去东大的也不过几十个到顶了（一般十几、二十来个吧）
最后还有一点，要是你家里不是非常富裕的话，去日本要做好非常吃苦的准备（有洁癖者、害怕一些很可爱的家居小动物的也算了，除非你家很有钱，），日本宿舍（也就是寮，其实寮也不算是官方宿舍不过是学校附近私人出租的罢了，日本大学极少提供宿舍，而寮一般住宿条件很差很差，好点的很贵很贵，如果是女生的话至少得住15000日元以上的才行，再加上其他杂费，光住宿就得3-5万日元每月，而日本平时生活费用很高的，去之前一定学会做饭！！就这个价位的住宿条件也不过是勉强可以，比之国内要差得远）

就这样吧，总之如果你现在是高三那么直接考东大的概率接近0%

最后补充一点，上面的仁兄东大太差？？？我真不知道你是怎么得出这个结论的，麻烦你能不能客观些，不要因为是日本的学校就乱说话，你以为哈佛就比东大好很多吗？从国际上看东大和哈佛算是一个级别好吗，还有还要看专业的，你要是考工业之类的还去哈佛那就是天大的笑话了。
动不动就哈佛哈佛的，真不知道国内是信息太闭塞还是怎么的，哈佛也就商学院很好，其他的比世界前二十的很多大学都要差的，就像东大吧，就算哈佛的也不敢说什么都比东大强，而且哈佛很少招本科生的。
备注：东大在日本堪称一校顶天下，在日本各项成就上东大占了50%以上，最高时甚至在70%以上，是亚洲唯一的世界优秀大学，从未出过世界前二十（世界前二十的就可以说是一个档次的了），在很多学科上排名世界第一，在历史上70%以上日本首相均出自东大，在文学、机械等等学科上也有极高成就。
举个例子吧，拿北大清华和东大比较，就好比拿国内最一般的一本学校和北大清华比（甚至说二本也可以），差距极为明显，目前最权威的国际排行榜中国无一所进入前200（香港有前200的），而东大一直在十名左右，且经常进入前十名，所以说东大和哈佛、剑桥、牛津等可以说在一个级别上，毕竟东大一校比日本其他所有大学加起来还强

东大太差，水平勉强只是凑合，楼主考了屈才，有个相当凑合的，你考哈弗去吧，按你的水平，肯定可以的！！！！！！！！