黒羽盗一！黒羽盗一！黒羽盗一！黒羽盗一！黒羽盗一！黒羽盗一！黒羽盗一！黒羽盗一！黒羽盗一！黒羽盗一！黒羽盗一！！！！！（大概吧？或者是工藤优作吧？）
反正善良的阿笠绝对绝对绝对绝对绝对不可能！
首先， 组织boss的邮箱，和“七子之歌”这首歌有关。其中的信息指明了乌鸦，乌鸦的羽毛是黑色的，自然是黑羽。 而且，有一个细节可以参考。柯南是在“奇异屋宇的大冒险”这一集的开头发现boss邮箱秘密，而在这一集的结尾，怪盗基德意外现身，或许是青山有意埋下的伏笔。
其次怪盗基德被称之为“平成时代的亚森罗平”。亚森罗平是莫理斯•卢布朗笔下的侠盗。而在《怪盗亚森罗平》这本书中， 他的父亲泰奥弗拉斯特•罗平并不像儿子想象的那样是个正人君子。
还有就是盗一化身基德的服装也是黑色的，与黑衣组织的统一黑色服装一个颜色！！！从“工藤新一小时候的冒险”中，我们发现黑羽似乎是一个很冷冽的人，鬼鬼祟祟潜入图书馆，给新一下战书，并用匕首把战书钉在墙上，不能不说这是一种诡异。
在漫画《魔术快斗》的第一集当中，黑羽快斗在17岁的时候发现了父亲的密室,知道了父亲的秘密.而这里面有一个明显的问题，盗一是被人杀死的，那为什么会有这个密室里面那盒说明自己基德身份的磁带？难道盗一未卜先知，知道自己会被人杀了，所以提前做好准备？
第四基德所要对抗的那个组织如果和柯南寻找的黑衣组织是同一个。那么问题就再次出现，组织的一贯以心狠手辣著称，可却唯独放过了快斗。本该死了八年的人，再度复活，粉丝把街道都围的水泄不通了，组织居然无动于衷，让人费解。
令外，灰原哀的那句话，“你（新一）早在半个世纪前就在组织的计划中了”也让人颇费思量。半个世纪前，新一肯定没出生，那就只能证明组织和工藤优作有着某种联系而工藤优作又是黑羽盗一的朋友，有希子也与黒羽盗一有着一定的关系。
……（太多了，不举了）……
阿笠博士
实在忍不住了，告诉你们黑衣人的主谋是谁吧。其实早就已经有太多提示了，你们竟然视而不见。你们都被坏人的伪装欺骗了， 其实黑衣人的真正首脑，就是一直隐藏在柯兰他们身边的——阿笠博士！！！
不明白了吧，其实我一直以为是毛利。但是那天他和柯南赌气，细心分析后我突然发现，原来真正的凶手竟然是憨厚的阿里博士。
可能有人早有怀疑，为什么黑衣组织一直没有找毛利家的麻烦？
为什么新一的父母不关心儿子的情况？
为什么工滕优做那么有天赋也没发现黑衣组织的下落?
为什么阿笠的发明很好但是不出卖，而且从来不工作也不缺钱花？
为什么他想要什么资料都能够找到?
为什么他给新一的设备只有在抓一般蟊贼的时候有用？
为什么只要柯南他们和阿笠出去野营就会遇到危险？
包括哀的出现都很可疑，记得吗当时只说哀晕倒在阿笠家门口!
其实事情是这样的，优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织，以小说家的身份为掩护秘密调查，发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家隔壁住，并且从小培养新一开车打枪和推理能力，并派新一和阿立混熟想借此侦察一些情报。于是新一在不知情的情况下被利用了，当阿笠开始怀疑工滕父子的时候，想出一条毒剂：他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一。大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，要不然难道GIN他们是因为喜欢才坐过山车的吗?在吸引新一注意以后，他们假装交易，阿笠扮演的就是那个交易的商人，你不觉得那个商人和阿笠的外貌和体型很像么？一切不露痕迹于是新一也就被他们变成了柯南。
于是阿笠顺理成章的成为了新一的同伴与监护人，并且柯难实际上成为了阿笠手中的人质。当时新一的父母第一次出现那集，实际是和阿笠谈判的。最终的结果是阿笠用柯南要挟他们两个人流放到瑞士。
而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感觉受骗，受到伤害，只能同意阿立的要求，不再回到日本。所以你们看优做只有在103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿立发现。
明白了吧，为什么阿笠认识哀的父母?
其实APTX-4689就是阿笠和哀的父母联合开发的，而成功以后哀的父母意外身亡。
他留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他副作用。但是突然一天，优作和有希子突然潜回日本，和柯南(103—104集)秘密接触，让他感觉受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南身边——那就是哀。
哀其实是APTX4689的第一个实验品，本来药的目的是用于保青春，没想到竟然适得其反产生副作用，造成了身体变小，而柯南事件发生以后，哀就成了在柯南身边卧底的最好的人选，为什么柯南从来没有被骚扰过？就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下，根本不必要监视。
其实警界奇才特别行动人员——毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的。当时枪击英理事件只是借口，所以后来目暮说毛利总把他们引向歧途，其实毛利才掌握了案件的真相，只不过目暮不理解罢了!
毛利和优作两个年富力强的超人侦探一直和阿立笠和黑衣组织周旋，可怜新一服部这几个小毛孩子都不知道，还以为自己是什么明星侦探，真的很可笑。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太为晦涩所以没几个人看出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写是拉丁文里面的——“莫里亚帝”！所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授。
是FBI的高级搜查官----詹姆斯·布莱克，因为福尔摩斯最大的对手正是詹姆斯·莫里亚提教授，而布莱克（Black)在英文中的意思正是“黑”，这很容易让人联想到73是在通过这点暗示布莱克是黑衣组织的BOSS。
对黑组织首领身份的猜测，一直集中在旧剧情人物和未出现新人物两点上。一份据说是2006年青山刚昌访谈的文章使第一种观点获得了较多支持。目前，就第一种观点，人们普遍认为黑组织首领会出自以下几个人物：阿笠博士这是最常见的一个怀疑。人们普遍认为，一个一直"没发明什么有用东西"（工藤新一语）的博士，如何会拥有其实并不少的资产？另外阿笠博士在剧集中也做出了很多很有用的东西，为什么会一直默默无闻？有人认为阿笠博士的身份很值得怀疑，加上柯南和灰原哀出现的巧合，让人怀疑阿笠博士很可能就是"那位先生"。过去还有人提出阿笠博士姓名的罗马音拼法类似《福尔摩斯》中的大反派莫里亚蒂教授的姓名。这是不正确的。莫里亚蒂的拼法是:Moriarty,日文拼出来则是モリアーティー，而阿笠博士则是Agasa，假名拼出来则是 アガサ。这显然不可能相同。毛利小五郎也有人相信毛利小五郎才是黑组织的首领。一个很好笑的理由是组织的成员代号都是酒名，而毛利大叔很喜欢喝酒……- -b。此外毛利大叔有时忽然爆发的推理能力也使人生疑，觉得他一直在装糊涂或者是大智若愚。其实毛利大叔的嫌疑是最小的。在TV425中，琴酒曾下令枪杀毛利小五郎。见过"那位先生"本人的琴酒，恐怕不会下令杀死组织的首领吧……工藤优作新一的父亲也是怀疑对象。他具有超过柯南的推理能力，还有在美国的神秘生活。组织磁盘中存有以他作品主人公命名的"暗夜男爵"病毒，还有他的妻子有希子是组织成员苦艾酒的好友。种种迹象表明，工藤优作和组织似乎也有一些瓜葛。另外柯南每每能够在与组织对抗的绝境中不可思议的逃生，是不是因为组织成员得到优作的授意不得伤害柯南呢？詹姆士探员作为赤井秀一和朱蒂的上司，FBI探员詹姆士也有些奇怪的地方。例如在他初登场时，柯南注意到他的名字和莫里亚蒂教授同名而且生于伦敦，同时又来自曾经黑帮横行的芝加哥，而姓氏恰恰是英语的单词"黑"（全名James Black 詹姆士.布莱克）。之后詹姆士也有一些奇怪的行为，使人产生一些联想。除了这些人之外，以下人物也被怀疑可能是"那位先生"远山刑警（远山和叶的爸爸）、Mr正影（案件中提到的失踪名魔术师）、白鸟任三郎、常盘荣策（TV 425 中组织暗杀目标的政敌）甚至还有人怀疑阿笠博士的那个初恋情人是BOSS,但似乎和“先生”有些矛盾，但一些人认为是初恋情人的朋友。
阿笠博士。
反正有很多原因 你去百度查一下好了。
柯南的大结局啥的 有的。。
那个，我原创。 手打的。 请给最佳好把。
内容全部来源于网络收集，如有侵权，请联系网站删除：QQ：24596024