公务交通补贴属于改革性补贴，不是职工福利，主要保障普通公务出行需求，不包括上下班通勤和所在城市以外的长途出差；同时，根据相关政策要求不得以公务交通补贴的名义变相发福利。公务人员不得既领取补贴又违规乘坐公务用车。并且要注意的是，发放的是公务交通补贴，不是用于上下班的交通补助。依据国家税务总局《关于个人因公务用车制度改革取得补贴收入征收个人所得税问题的通知》（国税函［2006］245号）第一条明确规定，因公务用车制度改革而以现金、报销等形式向职工个人支付的收入，均应视为个人取得公务用车补贴收入，按照“工资、薪金所得”项目计征个人所得税。第二条要求，具体计征方法按《国家税务总局关于个人所得税有关政策问题的通知》（国税发［1999］58号）第二条“关于个人取得公务交通、通讯补贴收入征税问题”的有关规定执行。即个人因公务用车和通讯制度改革而取得的公务用车、通讯补贴收入，扣除一定标准的公务费用后，按照“工资、薪金”所得项目计征个人所得税。按月发放的，并入当月“工资、薪金”所得计征个人所得税；不按月发放的，分解到所属月份并与该月份“工资、薪金”所得合并后计征个人所得税。
准予税前扣除的公务费用的标准到底如何确认，由于各地执行的具体标准不尽一致，纳税申报时可以参照的标准是经当地省级政府审批同意，并报主管税务局备案的公务交通补贴个人所得税税前扣除的公务费用标准。如当地政府未制定公务费用扣除标准，按公务交通补贴全额的30%作为个人收入扣缴个人所得税。