看你要报考的学校的安排，在报考院校研究生院官网上都可以查看的；一般都是考中医综合，只是研究生期间侧重不同，学硕不是四证合一，毕业还需要规范培训。
如果说学习内容的话，学硕以研究理论为主、单导师，学费每年6-8千，学制一般3年；专硕注重实践、双导师（学校一个导师，校外一个导师）学费是学硕的1.5-2倍，学制一般是两年。因为教育部规定：学硕和专硕同线（同一条复试线），待遇相同、都发双证。主要现在专硕双导师，社会导师多为主任医师，院长级别，对专硕研究生就业想当有益，学硕就没这一优势。
至于就毕业就业来说，学硕和专硕也有不小的区别：
学硕注重科研，就是在实验室玩小白鼠、兔子和猫狗等。毕业考核需要发表一定量的论文。对论文要求高，目前本科医学专业毕业到学术研二也能考执业医师。而专硕注重临床，就是和在医院和病人打交道。毕业考核对论文要求不高，对临床实践要求高。对于大龄社会考生来说容易毕业些，动手机会多。
当然虽然因为偏向不同，临床的导师多是医院科室主任类，人脉关系多广，但也要看导师愿意教授的程度。而学术的导师多是学院的教授领导，其中也会交叉，医师也能当老师，学校教授也去医院治疗病人。
总之，应该说各有优势吧！看你自己的目标和方向了！
就是现在取消公费研究生的录取，而采用奖学金制，而且金额和学费相当。没有说专硕不如学硕，只是各有限制而已，学硕有被限制考以硕士学位考执业医师，专硕更注重临床，学硕强调科研水平，各有优势吧。
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