A、固氮微生物分为自生固氮微生物和共生固氮微生物，A正确；B、固氮微生物同化作用类型既有异养型也有自养型，B正确；C、固氮生物都属于个体微小的原核生物，C正确；D、自生固氮微生物能在土壤中独立进行固氮，D错误．故选：D．
