In midst of which flowed a great river

这是一个定语从句的完全倒装句，原句为 a great river flowed in the midst of which(which就是代替two hills)。in the midst of which 是定语从句的语法要求，至于flowed的倒装与否，要看句意的需要，也可以不倒装。flow是不及物动词，千万不要以为是此句的意思是flow与a great river 是动宾关系。

区别在于一个是主动，一个是被动。

要表达被动的意思，自然是被动的主语放在前面，否则根本不通,就好比中文说“甲被打了”而不可能倒装成“打了被甲”因为表示被动的词has been 已经把前后的成分都固定了。

flowed a great river中的flowed 因为是river主动的，所以挪前挪后都行，如果不用倒装a great river flowed意思一样。

首先纠正你几个错误：
①“flow
是不及物动词来的,
所以不会是过去分词做状语”,谁说过去分词做状语必须是及物动词？
gone
from
home
so
long,
they
joyously
embraced
their
mates
of
boyhood.---《薄冰英语语法》p349，其中go是vi
②in
the
midst
of
which
a
great
river
flowed
×
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下面逐步分析这个句子,其实这个句子比较复杂。
①这个句子可以写成
1.a
very
agreeable
situation
which
is
located
within
two
small
hills.
2.a
great
river
flowed
in
the
midst
of
the
hill.
②现在使用过去分词做定语，句1变成a
very
agreeable
situation
located
within
two
small
hills
③接着要让句2变成句1的定语，使用which用作关联词，指代two
small
hills，因为介词根据句型结构的进行了前置，该句子必须采用倒装，（地点状语位于句首，主语为名词而谓语为不及物动词的陈述句必须倒装----《薄冰英语语法》p592，eg：from
the
windows
came
sound
of
music.)
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现在就好理解了，既然是倒装，谓语flowed就必须位于主语a
great
river之前。
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需要注意的是，in
the
midst
of
which
虽然说引导的是一个定语从句，但在自身从句中却是做地点状语，这也正是该句子复杂所在，也是flowed必须位于a
great
river的原因。
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说得这么详细了，花了我一个下午的时间，还帮你详细查阅了，《薄冰英语语法》楼主一点要加分啊！