医疗器械生产企业许可证有效期是5年。《医疗器械监督管理条例》第二十二条规定: 从事第二类、第三类医疗器械生产的,生产企业应当向所在地省、自治区、直辖市人民政府食品药品监督管理部门申请生产许可。医疗器械生产许可证有效期为5年。